המרכז הוקם בשנת 1998 במטרה לקדם השכלה בקרב האוכלוסייה הבדואית בנגב ולהוות גשר בין אוניברסיטת בן-גוריון בנגב לבין הקהילה ולשמש כפלטפורמה ללימוד המורשת, התמורות שמתחוללות בקרב החברה הבדואית בנגב , והאתגרים שמתלוויים אליהן דרך מחקר ודיון אקדמי וציבורי. המרכז רואה חשיבות רבה במעורבות משכילים, בני ובנות הקהילה הבדואית הן במחקר, בדיון ובהתווית מדיניות להתמודדות עם הקשיים אשר מתמודדת איתם קהילה זו. למטרה זו, הושם דגש מיוחד על מתן הזדמנויות בפני תלמידים בדואים להתקבל ללימודים באונברסיטה, לסייע להם אקדמית וגם כלכלית. מתן מלגות שכר לימוד ללסטודנטיות בדואיות ותוכניות שונות שהפעיל המרכז בעשר השנים האחרונות  הביא לכך שיותר ממאתיים בנות בדואיות סיימו את לימודיהן במחלקות השונות של האונברסיטה וחלקן המשיכו את לימודיהם לתארים מתקדמים, זה בהשוואה למספר החד ספרתי של בוגרות עד להקמת המרכז. כיום לומדים באוניברסיטת בן גוריון כ-400 סטודנטים בדואים מתוכם כ-250 סטודנטיות וכ- 120 סטודנטים.

בסוף שנת 2009 החליטה האוניברסיטה לייעל את פעילויות המרכז ולהעביר חלק מהפונקציות שמילא ליחידות שונות בתוך האוניברסיטה, לדוגמה, הטיפול במתן מלגות לסטודנטים הועבר לאחריותה של דיקנט הסטודנטים, מכינות קדם אקדמיות לסוגיהן הועברו לטיפול היחידה למכינות באוניברסיטה. עם תחילת שנת הלימודים 2009, מתמקד המרכז במחקר אודות הקהילה הבדואית בנגב.

להלן מטרות  המרכז כפי שבאו על ידי ביטוי בתקנון החדש למרכז:

ליזום ולקדם פעילות מחקרית בנושאי: חינוך, חברה, כלכלה, היסטוריה, בריאות הקשורים לקהילה הערבית-בדואית.

לעודד תלמידי מחקר בדואים ולתמוך בהם אקדמית וכלכלית.

ליזום ימי עיון וכנסים לאומיים ובינלאומיים להצגת עבודות מחקר ולקיים דיונים בסוגיות הקשורות לקהילה הבדואית.

להזמין חוקרים בינלאומיים להתארח במרכז.

ליזום שיתוף פעולה עם מכונים, מרכזים, עמותות ומועצות מקומיות ביישובים הבדואים, במטרה לקדם מחקר בנושאים הרלוונטיים לפעילות גופים אלה.

לפרסם עבודות מחקר הנתמכות ע"י המרכז, ועבודות מחקר אחרות שדנות בסוגיות הקשורות לקהילה הבדואית.

ליצור בסיסי נתונים ולהוציא שנתון סטטיסטי ייחודי לאוכלוסיה הבדואית בנגב.

ליצור מאגר מידע לפרסומים הקשורים לבדואים. 

להציע תוכניות לקידום והעצמה של סטודנטים בדואים.

מדי שנה מוציא המרכז קול קורא לחוקרים להגיש הצעות מחקר לנושאים הרלוונטיים לקהילה הבדואית, הצעות אלו מוערכות ע"י ועדת המחקר של המרכז וחוקרים חיצוניים. הזוכים מקבלים מענקי מחקר מטעם המרכז. המרכז ובשיתוף פעולה עם מרכז הנגב לפיתוח אזורי באונברסיטת בן-גוריון פועלים בשלב זה על הוצאת השנתון הסטטיסטי השלישי של האוכלוסיה הבדואית בנגב לקראת סוף שנת 2010. בשיתוף פעולה עם המרכז למחקר ופיתוח אזורי בנגב, המרכז בנה מאגר מידע אלקטרוני של מחקרים על הקהילה הבדואית. המאגר הוא מסד נתונים אלקטרוני אשר מכיל רשימה ביבליוגרפית מפורטת של פרסומים מדעיים על הקהילה הבדואית בנגב. מאגר מידע ראשון מסוגו זה מהווה ממשק נגיש לכמויות גדולות של חומר אודות הקהילה הבדואית ובכך תורם לביצוע מחקרים מקיפים יותר מאלו שהתאפשרו עד להקמתו. המאגר זמין באתר זה.

המרכז מעודד סטודנטים וסטודניות בדואים לקחת חלק פעיל בפעילות המרכז, דרך הגשת הצעות לשיתוף פעולה, השתתפות פעילה בכינוסים אשר המרכז מתכנן וכמו כן עידודם  של הסטודנטים הבדואים בהשתתפות בפעילויות השונות של המרכז.